兴教寺位于陕西省西安市城南20公里处,初建于唐朝总章二年(669年)。
玄奘从印度取经回来以后,倾注全部心血译经19年,公元644年圆寂于玉华宫。遗体运回长安,安葬在西安市东郊白鹿原上。白鹿原地势很高,在皇宫内的含元殿就能看到。唐高宗非常敬重玄奘,将其奉为国宝,为他的去世曾经举朝致哀。诏令将玄奘的遗骨于总章二年(669年)迁葬到长安以南的少陵原上,同时修建寺院,以资纪念。寺被命名为“大唐护国兴教寺”,位居唐长安城南樊川八大寺院之首。唐肃宗为玄奘的舍利塔题写了塔额“兴教”二字,寓意大兴佛教。
之后千余年间,几度枯荣,历尽沧桑。
建寺约百年之后,即“塔无主,寺无僧”。
唐文宗太和二年(828),重修塔身。清同治年间(1862-1874)遭兵燹,全寺付之一炬,几成废墟。仅存兴教寺塔(又称玄奘墓塔)以及玄奘的弟子窥基和圆测的墓塔,合称“慈恩三塔”。
1922年寺僧募修大殿、僧房十余间,又先后由朱子桥、程潜增建及修葺塔亭、大殿、藏经楼、山门等,并补修了三塔。
1939年,蒋介石为纪念其母亲而重修兴教寺。从1939年至1942年,国民政府要员曾先后捐资修建兴教寺,其中除了蒋介石,还有白崇禧、马鸿逵等人。
兴教寺寺内藏有明代铜佛像、缅甸玉佛像各一尊,以及历代经卷数千册。
1953年春,周恩来总理陪同印度总理尼赫鲁到兴教寺瞻仰玄奘墓塔。1954年至1956年,缅甸总理吴努、尼泊尔文化部长干达先后来兴教寺瞻仰玄奘墓塔。兴教寺也成为中国同东南亚各国友好往来的纽带。
文化大革命期间,兴教寺被迫停止宗教活动,但兴教寺的建筑仍保存下来,这是因为周恩来总理下令保护兴教寺。
1983年4月9日,中华人民共和国国务院批转《国务院宗教事务局关于确定汉族地区佛道教全国重点寺观的报告》,将兴教寺等寺院列为汉族地区佛教全国重点寺院。
自1980年代起,经过兴教寺的僧团的努力,在各方信众的捐款支持下,逐步建起了兴慈楼、方丈楼、斋堂、僧舍等建筑,使兴教寺的宗教活动场所功能逐步恢复完善。
2007年起,西安市将兴教寺纳入申报世界遗产工作范围。
2012年7月,陕西省确定5处8个点列入丝绸之路联合申报世界遗产名单,其中仅包括兴教寺塔,不包括兴教寺的其他建筑。
2012年10月,兴教寺首次获悉,因申遗需要,该寺众多建筑需拆迁。为保住兴教寺,兴教寺住持宽池法师在2013年1月西安市召开的申遗工作协调会议上提出兴教寺退出申遗,但政府官员不同意。此事逐渐升温,为“兴教寺事件”。